Seperti halnya masuk kota Makkah, masuk Kota Madinah pun disunnahkan berdoa. Berikut doanya dikutip dari Kumpulan Doa Kementerian Agama.

اَللَّهُمَّ هَذَا حَرَمُ رَسُولِكَ، فَاجْعَلْهُ وقَايَةٌ لي مِنَ النَّارِ وَأَمَانَةٌ مِنَ الْعَذَابِ وَسُوءِ الْحِسَابِ

Allâhumma hâdzâ haramu rasûlika, faj'alhu li wiqâyatan minan nâri, wa amanan minal adzabi wa súil hisabi

Artinya: "Ya Allah ini adalah tempat suci Rasul-Mu. Tolong jadikan ia sebagai pelindungku dari jilatan api neraka dan sebagai pengaman dari siksa hisab yang buruk."

Di dalam Kota Madinah, jamaah haji maupun umroh bisa melakukan sejumlah amalan dan ziarah. Di antaranya yaitu sholat wajib dan sunnah di Masjid Nabawi, ziarah ke makam Nabi, sholat di Raudhah, dan berkunjung ke sejumlah situs ziarah. Di antaranya yaitu situs Gunung Uhud, kebun kurma, Masjid Quba, Masjid Qiblatain, Masjid Khandaq, dan lainnya.